Предположим у нас есть база mydb, в неверной кодировке (latin1) по умолчанию. Необходимо выставить ее в utf8.
Для этого используем скрипт:
echo " DATABASE mydb DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;" | mysql; for i in `mysqlshow mydb % | grep -v + | cut -d ' ' -f2;`; do echo " TABLE mydb.$i DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;" | mysql ; done
В скрипте mydb замените на название своей БД.